La directive européenne dite « directive nitrates » a été adoptée en 1991 pour réduire la pollution des eaux par les nitrates d’origine agricole dans un contexte de contamination significative des eaux de surface et des eaux souterraines.

Les principales sources de nitrates sont issues de la minéralisation de l’azote contenu sous forme organique dans certains déchets comme les effluents (eaux usées, déjections d’élevage), ainsi que des pratiques de fertilisation à partir d’engrais « lents » organiques ou « rapides » minéraux. De manière plus anecdotique, il est également possible d’observer des contaminations en nitrates d’origine industrielle.

L’atmosphère est essentiellement composée d’azote sous forme gazeuse, cela ne présente cependant pas un risque significatif de pollution de la ressource en eau, même si certaines plantes peuvent fixer cet azote atmosphérique, l’intégrer dans leurs cellules qui une fois décomposées, pourront être partiellement minéralisées et ainsi contribuer à l’apport en nitrates dans les eaux.

Le sol est également naturellement riche en azote sous forme organique, mais en conditions de bon fonctionnement, il reste confiné au sein des organismes (sol vivant), évitant ainsi toute sur-minéralisation et donc les fuites de nitrates en direction des nappes, ce qui serait alors un signe de dérèglement du cycle de l’azote dans le sol.

Il existe donc un bruit de fond de nitrates d’origine naturelle, mais les quantités de ces nitrates d’origine naturelle que l’on retrouve dans les eaux restent généralement sans communes mesures avec celles qui sont liées aux activités humaines.

L’excès de nitrates dans les eaux de surface contribue à accélérer les processus d’eutrophisation, il peut se propager des eaux continentales aux eaux côtières (marées vertes). Pour ce qui est des eaux souterraines, principal gisement d’eau potable en Isère, la pollution peut également devenir une question de santé publique au regard des exigences de qualité concernant le paramètre nitrates pour les eaux de consommation humaine.

La directive nitrates s’attaque à l’origine agricole des nitrates, il existe d’autres réglementations qui traitent de leur origine domestique, notamment à partir des eaux résiduaires urbaines (autre versant conséquent de la pollution par les nitrates). À travers les objectifs d’atteinte du bon état des masses d’eau (Directive Cadre sur l’Eau), on évoque d’ailleurs le paramètre « nutriments urbains » par opposition aux « nutriments agricoles» pour distinguer entre-autres les différentes sources de nitrates qui relèvent de politiques différentes mais complémentaires.

La transposition de la directive nitrates en France a mené à l’élaboration d’un Programme d’Action National (PAN), décliné en Programmes d’Action Régionaux (PAR). Ces programmes mettent en place un règlement applicable aux exploitations d’élevage et parcelles cultivées en zones vulnérables autour de huit mesures. Ces mesures obligatoires portent sur la gestion des effluents d’élevage, elles instaurent également un principe d’équilibre de la fertilisation que l’on pourrait formuler ainsi : « la bonne dose au bon moment et au bon endroit », elles installent enfin des stratégies d’évitement du lessivage de nitrates avec la mise en place de couverts en inter-culture ou encore de couverts permanents le long des cours d’eau. Ces mesures sont détaillées dans les rubriques ci-après.

Les programmes d’action sont régulièrement révisés afin de s’adapter à l’état des lieux de la contamination des eaux en nitrates et à l’émergence de nouvelles pratiques agricoles. Ainsi, le dernier programme national a été publié le 9 février 2023, cela implique que les programmes d’action régionaux doivent être actualisés de manière à être mis en cohérence avec le nouveau cadre national. Quand cela sera fait, nous seront entrés en phase opérationnelle du 7^e programme d’action nitrates depuis la directive européenne de 1991.

Il a été précisé plus haut que les mesures de ces programmes s’appliquent aux élevages et parcelles cultivées en zones dites vulnérables (aux nitrates). Ces zones sont établies et révisées tous les quatre ans selon l’état des lieux de la pollution que l’on suit à l’aide d’un maillage de points significatifs répartis à la fois sur les eaux souterraines et de surface, il s’agit du « réseau de surveillance nitrates ». En Isère ce réseau est composé d’environ 80 points d’accès aux eaux-souterraines et d’environ 60 stations de prélèvement sur les eaux de surface. Les données qualité de ces points sont principalement alimentées à partir des suivis de l’Agence de l’Eau et de l’Agence Régionale de la Santé, elles peuvent de plus faire l’objet d’analyses spécifiques dans le cadre du réseau de suivi nitrates piloté par la DREAL. En Isère les zones vulnérables couvrent essentiellement les secteurs de plaine à l’ouest des massifs de la Chartreuse et du Vercors.